| Place | State | Latitude | Longitude | Elevation (meters) | Elevation (feet) |
|---|
| Emituca | Departmento de Francisco Morazan | 13.7961111 | -87.5655556 | 682 | 2238 |
| Empalme | Departamento de Colon | 16.0333333 | -85.9666667 | | |
| Encino Bonito | Departmento de Francisco Morazan | 14.35 | -87.2833333 | 1530 | 5020 |
| Encuentros | Departamento de Choluteca | 13.4333333 | -87.1 | 84 | 276 |
| Encuentros | Departmento de Francisco Morazan | 14.3833333 | -86.7666667 | 1056 | 3465 |
| Encuentros | Departamento de Olancho | 15.0666667 | -86.7 | 1068 | 3504 |
| Ensenada | Departamento de Atlantida | 15.8166667 | -86.6833333 | | |
| Enteli | Departamento de Choluteca | 13.5341667 | -87.1536111 | 333 | 1093 |
| Entelina | Departamento de Atlantida | 15.6666667 | -86.5333333 | 172 | 564 |
| Erandique | Departamento de Lempira | 14.2333333 | -88.4666667 | 1266 | 4154 |
| Ereque | Departmento de Francisco Morazan | 14.55 | -87.3166667 | 629 | 2064 |
| Escalinchuche | Departamento de Olancho | 14.7333333 | -86.1 | 400 | 1312 |
| Escalon | Departamento de Lempira | 14.35 | -88.85 | 1407 | 4616 |
| Escarbaderos | Departamento de Lempira | 14.1833333 | -88.6166667 | 946 | 3104 |
| Esconde Panal | Departamento de El Paraiso | 13.7130556 | -87.0941667 | 594 | 1949 |
| Escuapa | Departamento de El Paraiso | 13.95 | -86.35 | 501 | 1644 |
| Esparta | Departamento de Atlantida | 15.7166667 | -87.2 | 27 | 89 |
| Esparta | Departamento de Yoro | 15.1 | -87.2 | 625 | 2051 |
| Esperanza | Departamento de Colon | 15.9 | -86.2333333 | | |
| Espiritu Santo | Departamento de Copan | 15.1833333 | -88.7833333 | 561 | 1841 |
